计算的结构从哪里来,一般用的最多的就是Materials Studio,可以对结构进行扩胞,切面等等一系列操作,操作完毕后导出CIF格式如下图操作;

下载Vesta软件将cif文件拖入Vesta中,输出.vasp,POSCAR文件

VASP可以计算的POSCAR结构文件正式生成,因为名字并不是POSCAR,所以在上传到Linux系统里时,要重命名,连后缀也不要,只命名为POSCAR文件。

其次设置一个INCAR文件,这个文件是用来告诉VASP我们要计算什么,具体的参数可以根据我们需要的去调整,我给出一个简单的INCAR文件自行学习,INCAR文件和POSCAR一样,在Ubuntu里可以直接查看,是一个文本文件,可以复制POSCAR,把里面删干净,再复制下面参数进去,更改名字为INCAR,和POSCAR放在一个文件夹即可。

进行优化运算还缺少两个文件一个是赝势POTCAR和KPOINTS文件,这里我们用VASPKIT进行写取 ,右键打开终端输入vaspkit,紧接着输入102,再输入2,最后根据精度和服务器运算能力选择精度

提交任务,进行计算即可,ubuntu一般根据自己的服务器线程数利用mpirun进行提交代码如下mpirun -np 88 vasp_std

任务结束,会生成很多的文件,其中CONTCAR便是优化后的结构,再导出到Vesta里就可以查看,同样的如果需要用MS查看,那就用Vesta输出cif文件,Materials Studio就可以查看了。

(reference:https://blog.csdn.net/zhaixiuyu/article/details/130163231

一、vasp安装

若采用超级用户安装过程,intel的编译器会安装到/opt/目录下,否则,会安装到/home目录下;

/opt/intel/
~/intel/

1、安装依赖(若不安装可能无法编译成功libintel64)

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install build-essential
sudo apt install gfortran

2、下载intel编译包:base tookit安装包https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/tools/oneapi/base-toolkit-download.html?operatingsystem=linux&distributions=online和hpc tookit安装包https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/tools/oneapi/hpc-toolkit-download.html?operatingsystem=linux&distributions=online

安装intel-oneapi-base-toolkit-2025.0.1.46_offline.sh,其次安装intel-oneapi-hpc-toolkit-2025.0.1.47_offline,这些可以去intel官网搜索。

3、安装完成后输入下面命令进行环境测试

source ~/intel/oneapi/setvars.sh

执行下列命令验证安装,当所有指令均返回地址时,则安装正确

which icx
which icpx
which ifort
which mpirun
echo $MKLROOT

这个ifort不一定需要,可以见安装编译问题处理去修改编译器

4、编译libintel64

cd ~/intel/oneapi/mkl/这个根据上面echo $MKLROOT显示的版本/share/mkl/interfaces/fftw3xf
source ~/intel/oneapi/setvars.sh   !若前面已激活intel运行环境,可不执行此命令
make libintel64

5、解压vasp文件,将其中/arch/中的makefile.include.intel修改文件名,并移动到上一层目录中,进行编译,

修改
CC_LIB      = icx
CXX_PARS    = icpx
MKLROOT     ?=
OFLAG       = -O2 -xhost

6、编译 make all

make all

安装编译问题处理:

vasp编译ifort: command not found时

在makefile.include中,调整了对于ifx和icx icpx的设置

FC          = mpiifort -fc=ifx
FCL         = mpiifort -fc=ifx

CPP_LIB     = $(CPP)
FC_LIB      = $(FC)
CC_LIB      = icx
CFLAGS_LIB  = -O
FFLAGS_LIB  = -O1
FREE_LIB    = $(FREE)
OBJECTS_LIB = linpack_double.o
# For the parser library
CXX_PARS    = icpx
LLIBS       = -lstdc++

MKLROOT     =  自己的intel oneapi mkl 2025的目录
OFLAG       = -O2 -xhost

2、前后处理软件:

https://vaspview.sourceforge.net

vaspkit安装:

先安装linux版本的anaconda库文件,这样可以直接安装好Python 3.5 or higher、Numpy 1.15.4 or higher、Scipy 1.1.0 or higher、matplotlib 3.0.1 or higher等四个库。

https://vaspkit.com/installation.html

解压vaspkit软件到当前目录,进入cd vaspkit.1.00,把vasp软件中的脚本文件拷贝到主目录中cp -f how_to_set_environment_variable ~/.vaspkit

这个/POTCAR/PBE文件可以根据自己的计算目录修改,也可以不用修改,计算时切入到目录就好。

写入export PATH=/home/vaspkitxxxxx/bin/:$PATH’到.bashrc文件

echo 'export PATH=/home/vaspkitxxxx/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

作者 huntersong

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